Au moment même où la Communauté d'agglomération de Mulhouse élabore son Schéma de cohérence territoriale (SCoT), le Tram-Train est en cours de réalisation. Même si le projet de tramway n'a pas été élaboré en phase avec ce document d'orientation, les représentants de la Communauté d'agglomération et du Sitram aiment à rappeler que nombre de projets urbains ont pu s'adosser au projet Tram-Train et que la démarche d'élaboration reste cohérente au regard des démarches sociales et urbaines qui ont été lancées.