Faisant suite à la diffusion en 2001 d'une carte (représentation de la répartition des zonages résultant de 16 outils juridiques de protection, de connaissance ou de gestion des espaces naturels sur le territoire national), ce guide donne une typologie des outils de protection en les regroupant selon leur type d'intervention et d'origine et en sélectionnant les plus représentatifs, présente de manière synthétique chaque outil en le définissant et en déterminant l'impact possible des opérations routières sur lui et analyse les rapports entre les projets d'aménagements routiers et les règles juridiques présidant à la mise en oeuvre de ces outils.

Après une présentation rappelant le contexte, les objectifs et la méthodologie retenue, un développement sur le contexte juridique des opérations routières, ce guide est organisé en 5 chapitres :

1. Outil de connaissance national : zone naturelle d'intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF)
2. Outils réglementaires nationaux : parc national, réserve naturelle, réserve nationale de chasse et de faune sauvage, arrêté préfectoral de protection des biotopes, site inscrit ou classé, forêt de protection
3. Outils fonciers nationaux : terrain du Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres, politique des espaces naturels sensibles d'un département, terrain du réseau "Espaces naturels de France"
4. Outils européens et internationaux : réseau Natura 2000, réserve biogénétique du Conseil de l'Europe, réserve de biosphère de l'UNESCO, zone humide d'importance internationale
5. Outil contractuel national : parc naturel régional.